中国社会科学院考古研究所、局今积有加福建省考古研究院、浙江省文物考古研究所等单位合作，积极探寻南岛语族起源的线索，目前已取得重要进展。

项目启动后，年秋已系统发掘了浙江井头山遗址，年秋福建平潭岛西营、壳丘头、东花丘和龟山遗址，海南湾仔头和内角等遗址，初步构建了东南沿海与岛屿地区距今约8300—3000年的时空框架和社会结构。

距今约8300—7800年的井头山遗址是我国目前发现年代最早的海岸贝丘遗址，粮播粮食丰富的泥蚶、粮播粮食海螺、牡蛎、海鱼脊椎骨等遗物，提供了古人开发海洋资源的直接证据。

距今约7300—6500年的西营遗址为一处小型聚落，种面人骨分析显示出生活在这里的族群与中国南方、东南亚族群有较近的遗传关系。

壳丘头遗址属中型聚落，所增生产距今约6500—5000年，所增生产遗址内居住区、餐食加工区、手工业区、垃圾倾倒区等功能分区清晰，文化面貌显示出台湾海峡两岸存在文化关联。

与此同时，稳定西营遗址、壳丘头遗址还发现了目前我国东南沿海岛屿最早的水稻遗存。